Η Έφη Τσακαλίδου αποφοίτησε από το Τμήμα Χημείας του Αριστοτέλειου Πανεπιστήμιου Θεσσαλονίκης το 1980. Με υποτροφία του ιδρύματος «Α.Σ. Ωνάσης» συνέχισε τις σπουδές της στη Γερμανία και το 1986 πήρε διδακτορικό δίπλωμα στη Βιοχημεία από το Πανεπιστήμιο της Κολωνίας. Το 1987 άρχισε να
εργάζεται ερευνητικά στο Εργαστήριο Γαλακτοκομίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και από το 2008 υπηρετεί ως Καθηγήτρια Βιοχημείας Τροφίμων στο Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου.

Παράλληλα, είναι η επιστημονική υπεύ θυνη της συλλογής μικροοργανισμών ACA DC του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας. Ερευνητικά ασχολείται με τα οξυγαλακτικά βακτήρια και ειδικότερα με θέματα ταξινόμησης, μεταβολισμού, φυσιολογίας, γενετικής, βιοπληροφορικής, βακτηριοσινών, προβιοτικών και εφαρμογών στα τρόφιμα και την υγεία . Έχει πάνω από 400 επιστημονικές δημοσιεύσεις, μεταξύ αυτών 13 9 άρθρα σε διεθνή περιοδικά, 22 κεφάλαια σε βιβλία, 15 8 ανακοινώσεις σε διεθνή συνέδρια, 85 ανακοινώσεις σε εθνικά συνέδρια και 14 προσκεκλημένες ομιλίες (εκτός συνεδρίων). Είναι μέλος και συντονιστής ερευνητικών προγραμμάτων (20 EU, 41 εθνικά και 9 χρηματοδότησ η ς τρίτων), κριτής επιστημονικών άρθρων σε διεθνή περιοδικά, μέλος της Συντακτικής Επιτροπής διεθνών επιστημονικών περιοδικών καθώς και μέλος Επιστημονικών Ενώσεων.

Επιπλέον, συμμετέχει σε 3 διπλώματα ευρεσιτεχνίας και έχει αναπτύξει 2 Επιχειρηματικά Σχέδια, καθώς και 4 Συμφωνίες Αδειοδότησης με εταιρείες στο εξωτερικό σχετικά με συγκεκριμένες εφαρμογές ερευνητικών αποτελεσμάτων στον τομέα της παραγωγής τροφίμων Η Έφη Τσακαλίδου ήταν από το 2010 ως το 2022 Διευθύντρια του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας. Από το 2012 ως το 2017 διετέλεσε Αναπληρώτρια Πρόεδρος του Συμβουλίου του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών.